設計監理報酬は、建築士法第２５条の規定に基づき勧告された
建設省告示第1206号に業務報酬の計算方法が定められています。
簡単に説明すると、建物用途と工事金額により、業務に関わる直接人件費を算出し
それに諸経費・技術経費・特別経費・消費税の％を加算した総額になりますが、
かなり高額になります。

だから、設計監理料を工事費のパーセンテージで算出する方法が
一般的な報酬の算出法になっています。

しかし、このやり方では
金額的に高い材料や高い機器類を選ぶだけで設計料が上がり
ローコストにするためにいろいろと工夫すると設計料が下がるという矛盾が生じます。

そこで、設計監理料を坪単価で算出する方法もあります。
これは建物の延べ面積に坪単価をかけて算出する方法ですが
これも基準法上の面積と吹き抜けや小屋裏峰[などの面積をどうするか？

また、倉庫など何もない大空間の場合は？などなどの問題が生じます。
ですから、あくまでも目安としての設計料であれば、どちらでも構わないと思いますが
正確な報酬を求められれば

設計監理の条件をお聞きして、建築費及びその他諸経費も含めた総額の中で
設計監理報酬をバランスよく算出させてもらいます。

個人的には工事費の％よりも坪単価の考え方の方が馴染みやすいと思っていますので
坪単価をベースにして設計監理期間や業務内容などの条件により算出します。

参考までに
建設省告示第1206号(http://www.taaf.or.jp/job/ex.html）の解説があるホームページです。

また「建築設計監理報酬」のキーワードで検索すると
様々な設計監理報酬に対するホームページがありますので参考にしてください。

設計監理報酬は高いと良く言われます。

また、工務店やハウスメーカーに依頼すれば設計監理料の分、安くできるとも言われます。
確かに工務店やハウスメーカーが行う設計とは質が違うので設計料が高くなるとは思います。

しかし設計事務所に依頼した場合は工事見積りを複数の会社に依頼することができるので、
競争の原理で安い見積が期待できます。

また、監理で工事中の間違いや手抜きがないかを第３者の立場で確認できます。
（最終的には誰を信用するか？というところに行きつきますが・・・）